vg
tools for working with variation graphs
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  a  
FixedGenotypePriorCalculator (vg)    json_autoptr    path_handle_t (handlegraph)    StreamMultiplexer (vg::io)   
FlowSort (vg)   
  k  
PathBasedTraversalFinder (vg)    StreamSorter (vg)   
Genotyper::Affinity (vg)    FragmentLengthDistribution (vg)    PathBranch (vg)    string_hash_map (vg)   
Aligner (vg)    FragmentLengthStatistics (vg)    keyNotFoundException (vg)    PathChunker (vg)    string_hash_set (vg)   
AlignerClient (vg)    Funnel (vg)    kmer_t (vg)    PathComponentIndex (vg)    Subcommand (vg::subcommand)   
Alignment (vg)   
  g  
KmerMatch (vg)    PathForEachSocket (handlegraph)    SubgraphOverlay (vg)   
AlignmentChainModel (vg)    KmerPosition (vg)    PathHandleGraph (handlegraph)    SubHandleGraph (vg)   
AlignmentChainModelVertex (vg)    GaplessExtender (vg)   
  l  
PathIndex (vg)    Subpath (vg)   
AlignmentEmitter (vg)    GaplessExtension (vg)    PathNode (vg)    Support (vg)   
BandedGlobalAligner::AltTracebackStack (vg)    gbwt_thread_t (haplo)    LegacyCaller (vg)    PathOrientedDistanceMeasurer (vg)    SupportAugmentedGraph (vg)   
Annotation (vg)    GBWTScoreProvider (haplo)    linear_haplo_structure (haplo)    PathPositionHandleGraph (handlegraph)    SupportBasedSnarlCaller (vg)   
AppendHaplotypeCommand (vg)    GenomeState (vg)    LinearScoreProvider (haplo)    PathRestrictedTraversalFinder (vg)    SupportRestrictedTraversalFinder (vg)   
AugmentedGraph (vg)    GenomeStateCommand (vg)    linear_haplo_structure::linearUnrepresentable (haplo)    Paths (vg)    Surjector (vg)   
  b  
Genotype (vg)    LocationSupport (vg)    PathSubgraph (vg)    SwapHaplotypesCommand (vg)   
GenotypeLikelihoodCalculator (vg)    GraphSynchronizer::Lock (vg)    PathSubgraphOverlay (vg)   
  t  
BandedGlobalAligner::BABuilder (vg)    GenotypePriorCalculator (vg)    Locus (vg)    PathTraversalFinder (vg)   
BandedGlobalAligner::BAMatrix (vg)    Genotyper (vg)   
  m  
PhasedGenome (vg)    Registry::Tables (vg::io)   
BandedGlobalAligner (vg)    GFAToPinchTranslator (vg)    PhaseUnfolder (vg)    TargetValueSearch (vg)   
BaseAligner (vg)    GFFReader (vg)    Mapper (vg)    Pictographs (vg)    Watchdog::thread_state_t (vg)   
BaseMapper (vg)    GFFRecord (vg)    Mapping (vg)    Pileup (vg)    TipAnchoredMaxDistance (vg)   
BaseOption (vg)    Graph (vg)    mapping_t (vg)    PinchToVGTranslator (vg)    Transcript (vg)   
BasePileup (vg)    XdropAligner::graph_pos_s (vg)    NGSSimulator::MarkovDistribution (vg)    VG::Plan (vg)    Transcriptome (vg)   
BenchmarkResult (vg)    GraphCaller (vg)    MaximalExactMatch (vg)    PoissonSupportSnarlCaller::PoissonCallInfo (vg)    TranscriptPath (vg)   
BitString (vg)    GraphSynchronizer (vg)    MCMCGenotyper (vg)    PoissonSupportSnarlCaller (vg)    Translation (vg)   
BitStringTree (vg)    FlowSort::Growth (vg)    MEMChainModel (vg)    Position (vg)    Translator (vg)   
BlockedGzipInputStream (vg::io)    GSSWAligner (vg)    MEMChainModelVertex (vg)    PositionIDScanner (vg)    TraversalFinder (vg)   
BlockedGzipOutputStream (vg::io)   
  h  
MEMClusterer (vg)    Progressive (vg)    TraversalSupportCalculator (vg)   
BoolReturningWrapper (handlegraph)    MemoizingGraph (vg)    ProtobufEmitter (vg::io)    TraversalSupportFinder (vg)   
BoolReturningWrapper< Iteratee, Iterated, bool > (handlegraph)    handle_t (handlegraph)    MessageEmitter (vg::io)    ProtobufIterator (vg::io)    Tree (vg)   
BoolReturningWrapper< Iteratee, Iterated, void > (handlegraph)    HandleGraph (handlegraph)    MessageIterator (vg::io)    ProtoHandleGraph (vg)    BitStringTree::TreeNode (vg)   
BREAKPOINT (vg)    Handler (vg::temp_file)    MinDistanceClusterer (vg)    PruningParameters    TreeNode (vg)   
  c  
haplo_DP (haplo)    MinimizerMapper::Minimizer (vg)   
  q  
SnarlSeedClusterer::TreeState (vg)   
haplo_DP_column (haplo)    MinimizerMapper (vg)    TreeSubgraph (vg)   
CachedPackedTraversalSupportFinder (vg)    haplo_DP_rectangle (haplo)    MinimumDistanceIndex (vg)    QualAdjAligner (vg)    TrivialTraversalFinder (vg)   
IndexedVG::CacheEntry (vg)    PhasedGenome::Haplotype (vg)    MSAConverter (vg)   
  r  
TSVAlignmentEmitter (vg)   
CactusSide (vg)    PhasedGenome::HaplotypeNode (vg)    MultipathAlignment (vg)    TVSClusterer (vg)   
CactusSnarlFinder (vg)    hash< const vg::Snarl > (std)    MultipathAlignmentGraph (vg)    Range (vg)   
  u  
SnarlCaller::CallInfo (vg)    hash< handlegraph::handle_t > (std)    MultipathMapper (vg)    RareVariantSimplifier (vg)   
MinimumDistanceIndex::ChainIndex (vg)    hash< handlegraph::path_handle_t > (std)    MultipathProblem (vg)    RatioSupportSnarlCaller (vg)    uniform_int_distribution (vg)   
ChainIterator (vg)    hash< handlegraph::step_handle_t > (std)    MutableHandleGraph (handlegraph)    ReadFilter (vg)    uniform_real_distribution (vg)   
Colors (vg)    hash< pair< A, B > > (std)    MutablePathDeletableHandleGraph (handlegraph)    ReadRestrictedTraversalFinder (vg)   
  v  
CompletedTranscriptPath (vg)    hash< std::tuple< TT... > > (std)    MutablePathHandleGraph (handlegraph)    Region (vg)   
Configurable (vg)    hash< vg::NodeSide > (std)    MutablePathMutableHandleGraph (handlegraph)    RegionExpander (vg)    VariantAdder (vg)   
ConfigurableParser (vg)    hash< vg::NodeTraversal > (std)   
  n  
Registry (vg::io)    VcfBuffer (vg)   
ConsistencyCalculator (vg)    Genotyper::hash_ambiguous_allele_set (vg)    ReplaceLocalHaplotypeCommand (vg)    VCFGenotyper (vg)   
ConstructedChunk (vg)    hash_map (vg)    NameMapper (vg)    ReplaceSnarlHaplotypeCommand (vg)    VCFOutputCaller (vg)   
Constructor (vg)    hash_map< K *, V > (vg)    NestedTraversalFinder (vg)    RepresentativeTraversalFinder (vg)    VcfRecordConverter (vg)   
ReadFilter::Counts (vg)    Genotyper::hash_node_traversal (vg)    NetGraph (vg)    ReverseGraph (vg)    VcfRecordFilter (vg)   
  d  
Genotyper::hash_oriented_edge (vg)    SnarlSeedClusterer::NetgraphNode (vg)    RRMemo (haplo::haploMath)    VCFTraversalFinder (vg)   
hash_set (vg)    NGSSimulator (vg)   
  s  
VectorizableHandleGraph (handlegraph)   
DagifiedGraph (vg)    hash_set< K * > (vg)    NoAlignmentInBandException (vg)    Vectorizer   
Deconstructor (vg)    hDP_gbwt_graph_accessor (haplo)    Node (vg)    Sampler (vg)    Version (vg)   
BandedGlobalAligner::AltTracebackStack::Deflection (vg)    hFILE_backend    SnarlSeedClusterer::NodeClusters (vg)    ScoreProvider (haplo)    VG (vg)   
DeletableHandleGraph (handlegraph)    hFILE_cppstream (vg::io)    NodePileup (vg)    SerializableHandleGraph (handlegraph)    VGAlignmentEmitter (vg)   
DeleteHaplotypeCommand (vg)    MEMClusterer::HitEdge (vg)    NodeSide (vg)    ShuffledPairs (vg)    VGset (vg)   
DepthMap (vg)    MEMClusterer::HitGraph (vg)    NodeTraversal (vg)    SimpleConsistencyCalculator (vg)    Visit (vg)   
discrete_distribution (vg)    MEMClusterer::HitNode (vg)    normal_distribution (vg)    SimpleTraversalSupportCalculator (vg)    Viz (vg)   
DistanceHeuristic (vg)    Homogenizer (vg)    NullAlignmentEmitter (vg)    SmallSnarlSimplifier (vg)    VPKG (vg::io)   
MEMClusterer::DPScoreComparator (vg)    HTSAlignmentEmitter (vg)    NullMaskingGraph (vg)    Snarl (vg)   
  w  
  e  
  i  
number_bool_packing (handlegraph)    SnarlCaller (vg)   
  o  
SnarlFinder (vg)    walk_t (vg)   
Edge (vg)    IdentityOverlay (vg)    MinimumDistanceIndex::SnarlIndex (vg)    wang_hash (vg)   
EdgePileup (vg)    IDScanner (vg)    Option (vg)    SnarlManager (vg)    wang_hash< handle_t > (vg)   
Edit (vg)    IncrementIter (vg)    Option< vector< Item >, Parser > (vg)    SnarlMinDistance (vg)    wang_hash< NodeSide > (vg)   
EditedTranscriptPath (vg)    Index (vg)    OptionInterface (vg)    SnarlOrientedDistanceMeasurer (vg)    wang_hash< NodeTraversal > (vg)   
endianness (vg)    IndexedVG (vg)    OptionValueParser (vg)    SnarlManager::SnarlRecord (vg)    wang_hash< path_handle_t > (vg)   
ExhaustiveTraversalFinder (vg)    indexOpenException (vg)    OptionValueParser< vector< Item > > (vg)    SnarlSeedClusterer (vg)    wang_hash< std::pair< A, B > > (vg)   
ExpandingOverlayGraph (handlegraph)    InsertHaplotypeCommand (vg)    XdropAligner::OrderedGraph (vg)    SnarlState (vg)    wang_hash< T * > (vg)   
ExtraNodeGraph (vg)    int_itvl_t (haplo)    OrientedDistanceClusterer (vg)    SnarlTraversal (vg)    wang_hash< T, typename std::enable_if< std::is_integral< T >::value >::type > (vg)   
  f  
is_instantiation_of (vg)    OrientedDistanceMeasurer (vg)    linear_haplo_structure::SNVvector (haplo)    Watchdog (vg)   
is_instantiation_of< Predicate< PredicateArgs... >, Predicate > (vg)   
  p  
SourceSinkOverlay (vg)    FlowSort::WeightedGraph (vg)   
fdinbuf (vg::io)    Funnel::Item (vg)    SplicedHTSAlignmentEmitter (vg)    WideningPRNG (vg)   
fdistream (vg::io)    PathForEachSocket::iterator (handlegraph)    PackedTraversalSupportFinder (vg)    SRPE (vg)    WindowedVcfBuffer (vg)   
fdostream (vg::io)    ShuffledPairs::iterator (vg)    Packer (vg)    SSWAligner (vg)    WrappingPositionScanner (vg)   
fdoutbuf (vg::io)    PhasedGenome::iterator (vg)    Packers (vg)    Funnel::Stage (vg)   
  x  
FeatureSet::Feature (vg)    iterator_traits< vg::PhasedGenome::iterator > (std)    pair_hash_map (vg)    step_handle_t (handlegraph)   
FeatureSet (vg)   
  j  
pair_hash_set (vg)    StrandSplitGraph (vg)    XdropAligner (vg)   
Filter (vg)    PairedEndMapper (vg)    StreamIndex (vg)   
Funnel::FilterPerformance (vg)    j2pb_error    Path (vg)    StreamIndexBase (vg)   
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